Gemäss Staatsvertrag über die FHNW wählen die Regierungen der Trägerkantone eine Beschwerdekommission mit fünf Mitgliedern einschliesslich Präsidentin oder Präsident für eine Amtsperiode von vier Jahren. Jeder Vertragskanton wird durch mindestens ein Mitglied vertreten. Die Beschwerdekommission befindet über Beschwerden gegen Verfügungen der FHNW und entscheidet in personalrechtlichen Streitigkeiten. Die Amtszeit der jetzigen Beschwerdekommission endet per 31. Dezember 2021.
Per Ende 2021 tritt lic. iur. Dieter Gysin aus der Beschwerdekommission zurück. Die Regierungen der Kantone Aargau, Basel-Landschaft, Basel-Stadt und Solothurn danken Dieter Gysin für seine wertvollen und langjährigen Verdienste.
In der neuen Amtsperiode 2022–2025 setzt sich die Beschwerdekommission wie folgt zusammen:
| Dr. iur. Caroline Meyer, bisher | Selbständige Advokatin in Basel | Präsidentin |
| lic. iur. Christoph Meyer, bisher | Stv. Leiter Rechtsdienst Departement Bildung, Kultur und Sport Aargau | Vertretung Aargau |
| lic. iur. Franziska Preiswerk-Vögtli, neu | Präsidentin der Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht am Kantonsgericht Basel-Landschaft, Liestal | Vertretung Basel-Landschaft |
| lic. iur. Béatrice Müller, bisher | selbständige Anwältin | Vertretung Basel-Stadt |
| lic. iur. Denise Tormen, bisher | Leiterin Rechtsdienst Departement für Bildung und Kultur Solothurn | Vertretung Solothurn |